"Es innegable que hubo problemas en la seguridad", dijo el jefe de policía de Nara, Tomoaki Onizuka.
Un hombre armado abrió fuego contra Abe en un evento de campaña política, un crimen que ha conmocionado profundamente a Japón.
Las elecciones del domingo se llevaron a cabo según lo planeado.
La votación comenzó a las 07:00 hora local (22:00 GMT del sábado), solo dos días después del asesinato de Shinzo Abe, y cerró a las 21:00.
Las encuestas a pie de urna sugerían que el gobernante Partido Liberal Democrático (PLD), en el que Abe era una figura destacada y de gran influencia, y su socio menor de coalición, Komeito, estaban dispuestos a conservar la mayoría.
Las elecciones para la cámara alta del parlamento de Japón, menos poderosa, suelen verse como un referéndum sobre el gobierno actual. Pero una gran victoria del PLD fortalecería la capacidad del actual primer ministro para impulsar sus políticas clave, incluida la duplicación del gasto en defensa.
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El asesinato de Shinzo Abe: el sospechoso guarda rencor
La policía dice que el sospechoso, llamado Tetsuya Yamagami, de 41 años, guardaba rencor contra una "organización específica".
"Lo urgente es que realicemos una investigación exhaustiva para esclarecer lo que sucedió", dijo el jefe de policía Onizuka, sin especificar dónde vio fallas.
Yamagami le dijo a la policía que había servido en la Armada de Japón, la Fuerza de Autodefensa Marítima, durante tres años. Había trabajado en una fábrica.
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El primer ministro Fumio Kishida, también miembro del PLD, dijo que quedo "sin palabras" y prometió que la democracia de Japón "nunca va a ceder ante la violencia". La violencia armada es extraña en Japón.
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