El jueves, Ecclestone dijo que "recibiría una bala" por el presidente de Rusia.
El hombre de 91 años, que fue destituido como director ejecutivo cuando el grupo estadounidense Liberty Media compró la F1 en 2017, agregó que la guerra del presidente ruso en Ucrania "no fue intencional".
También dijo que Lewis Hamilton debería haber "dejado de lado" los comentarios racistas.
"Los comentarios hechos por Bernie Ecclestone son sus puntos de vista personales y contrastan mucho con la posición de los valores modernos de nuestro deporte", se lee en un comunicado de la F1.
Ecclestone construyó una relación con Putin cuando estaban estableciendo el Gran Premio de Rusia, que hizo su debut en el balneario de Sochi en el Mar Negro en 2014.
En 2016, Ecclestone fue criticado por decir que Putin era "el tipo que debería dirigir Europa", y se ha hecho famoso por hacer comentarios provocativos y obsoletos sobre asuntos sociales y políticos.
Varias figuras de alto nivel en la F1 le dijeron informacion que creen que Ecclestone está desempeñando algún tipo de papel de asesor informal para el presidente de la FIA, el organismo rector del automovilismo, Mohammed ben Sulayem.
Pero un portavoz de la FIA dijo: "Los dos se conocen, pero no hay asesoramiento y no lo ha habido desde que se convirtió en presidente, y hasta donde yo sé, antes de eso".
""No hay asociaciónes ahi y no hay asesoria serias".".
En la entrevista del jueves con Good Morning Britain de ITV, Ecclestone dijo: "Lo que [Putin está] haciendo es algo que él cree que es lo correcto que está haciendo por Rusia".
Cuando se le planteó que no podía justificar las acciones de Putin y la muerte de miles de personas, respondió: "No lo hago. No fue intencional".
Dijo que no había hablado con el presidente ruso desde que se lanzó la invasión en febrero, pero agregó: "Estoy absolutamente seguro de que ahora desearía no haber iniciado todo este asunto, pero no comenzó como una guerra".
Ecclestone también criticó al presidente de Ucrania, Volodymyr Zelensky, diciendo que podría haber detenido la guerra negociando con Putin.
Putin ordenó la invasión de Ucrania en febrero y la acción fue ampliamente condenada por la comunidad internacional. Muchos deportes prohibieron la participación rusa o la organización de eventos, y la F1 canceló el contrato del GP de Rusia.
Ecclestone agregó que "no estaba seguro" de haber tomado la misma decisión.
También comentó sobre el uso de lenguaje racista por parte del tres veces campeón mundial Nelson Piquet al referirse al británico Lewis Hamilton.
Hamilton respondió a los comentarios del brasileño Piquet diciendo que "las mentalidades arcaicas deben cambiar".
Ecclestone dijo que estaba "sorprendido de que Lewis no lo haya ignorado, o mejor que eso, respondido".
Piquet ganó dos de sus tres títulos mundiales mientras conducía para el equipo Brabham de Ecclestone.
Ecclestone dijo: "Probablemente no sea apropiado para nosotros, pero probablemente no sea algo terrible que suceda si dices eso en Brasil".
"Pero la gente dice cosas, y la gente habla de las personas si tienen un poco de sobrepeso o un poco más pequeñas que yo. Estoy bastante seguro de que la gente ha hecho comentarios al respecto. Si lo hubiera escuchado, lo haría". Habría sido capaz de lidiar con eso yo mismo sin demasiados problemas".